1、生產過程的不同
開始的有機染料主要是從動植物當中提取出來的，比如說是靛青、胭脂紅等，這些有機染料已經有了較長的發展歷史，而人工合成的染料是從1856年開始出現的，發展至今人工合成的染料種類已經非常多了，它們被廣泛的應用在各個行業當中。而無機顏料基本上都是一些結構比較簡單的小分子化學物質，如鎘紅、鎘黃、鈦白粉、炭黑、氧化鐵紅、氧化鐵黃等。它和有機染料相比結構會更加的復雜一些，也會更加的龐大。
 
2、物理特性的不同
有機染料和無機顏料之間大的不同就是它們是否可以在水中發生溶解，染料具有水溶性，在水中生成膠體溶液，而顏料是沒有水溶性的，只能通過分散劑和填充劑擴散、分散在溶液中，還有就是在連結料里面，是否呈現出懸浮狀態。不過也有一些有機染料在經過處理以后也是不易溶于水的。在如今的實際的應用當中，具有不溶性特點的有機染料主要有酞箐染料，還有是一些還原染料，以及經過色淀處理處理后的鹽基染料等。因此，在有些時候這兩種顏料之間也可以相互替代使用，呈現出更好顏料色彩和更加穩定的顏色效果。
 
3、用途范圍的不同
染料的早的用途是給紡織品染色，而無機顏料的傳統用途是對非紡織品進行著色，常用來用作繪畫和刷墻涂料以及油漆色素等方面的應用。這是因為染料對紡織品具有非常強的親和力，可以被纖維分子吸附固著，而無機顏料對所有的著色對象均無親和力，主要靠樹脂、膠黏劑等其他成膜物質與著色對象結合在一起，染料在使用過程中一般先溶于使用介質，無論是分散染料還是還原染料在染色時，都需要先從晶體狀態溶為分子狀態后才能上染到纖維上，因此染料自身的顏色并不代表它在織物上的顏色。而顏料在應用過程中不溶于所使用的介質中，只能以原來的晶體狀態存在，因此顏料本身的顏色也就是它在被著色基物上的顏色。